Quando Galileu começou as suas observações com o telescópio, finalmente começaram a aparecer argumentos definitivos contra o modelo geocêntrico. Galileu não foi provavelmente o primeiro a utilizar um telescópio para observar os céus, cabendo essa honra provavelmente a Thomas Harriot, na Inglaterra, ou a Simon Marius, na Alemanha. No entanto, Galileu fez evoluir o telescópio até uma ampliação superior a 20x e apresentou os céus no livro Sidereus Nuncius de uma forma que nunca antes havia sido vista, fruto de uma observação meticulosa do céu ao longo de muitas noites consecutivas.
Galileu conhecia os trabalhos de Kepler, pois foram-lhe enviados pessoalmente, mas em nenhum momento tece qualquer comentário sobre os mesmos. Mas tal como muitos outros copernicanos, também Galileu não quis aceitar órbitas elípticas. Aceitá-lo seria renegar o De Revolutionibus Orbium Coelestium que começa com o teorema “1. O universo é esférico.”, e que diz pouco adiante: “o movimento dos corpos é uniforme, perpétuo e circular ou composto de movimentos circulares”.
Galileu compilou os resultados das observações que fez no livro Sidereus Nuncius (figura 1) (Mensageiro das Estrelas) em que descreve um céu pejado de estrelas, sendo a Via Láctea como uma quantidade imensa de aglomerados de estrelas.
As observações que Galileu fez da Lua, mostravam que esta não era esférica e cristalina mas antes um corpo imperfeito.
Galileu verificou ainda, observando noite após noite com o seu telescópio, que o planeta Júpiter possuía 4 satélites (Io, Europa, Ganimedes e Calisto) e que estes orbitavam ao seu redor.
Se havia corpos que orbitavam em torno de Júpiter, e não à volta da Terra, então nem todos os corpos tinham que girar à volta da Terra.
A observação das fases de Vénus demonstrou que Vénus não girava em torno da Terra. De facto, se Vénus girasse em torno da Terra, mais próximo do que o Sol, as suas fases teriam de ser idênticas às da Lua. No entanto, Galileu verificou que quando Vénus estava na fase semelhante à Lua Nova atingia a sua dimensão máxima, o que significava que estava o mais próximo da Terra possível enquanto que quando avançava para a fase semelhante à Lua Cheia, ia diminuindo de dimensão. Isto significava sem dúvida que Vénus tinha que girar em torno do Sol.
Mais tarde, Galileu também efectuou observações do Sol que mostraram que este não era um corpo cristalino e que o mesmo rodava em torno de um eixo, com um período de rotação diferencial de cerca 25 (no equador) a 31 dias (nos pólos).
O movimento das manchas solares constituiu um argumento para demonstrar que o Sol não tinha uma estrutura cristalina mas sim uma estrutura fluida.
Galileu discutiu os resultados das suas observações num livro intitulado Diálogo Relativo aos Dois Grandes Sistemas dos Mundos – Ptolomaico e Copernicano. Neste, os dois sistemas são debatidos numa série de discussões entre três homens: Salviati, Sagredo e Simplicio. Salviati representa Galileu, Sagredo representa um ouvinte inteligente e Simplicio um obtuso Aristotélico.
O livro é publicado em Florença, em 1632, tendo sido apreendido pela Inquisição que ordena a Galileu que se apresente em Roma.
Em 1633 é julgado pela Inquisição, tendo em parte do julgamento sido ameaçado de tortura se não se confessasse herético. Galileu afirmou sempre que após a condenação pela Congregação do Index do seu livro jamais voltara a defender o heliocentrismo. Finalmente, após ter renegado a teoria copernicana, foi condenado pelos sete cardeais do júri a uma vida em cativeiro. O Papa Urbano nunca chegou a ratificar o veredicto, talvez por considerar Galileu efusivo, mais que herético. De acordo com a lenda, quando se levantou após ter renunciado a sua ofensa terá batido com o pé no chão dizendo em voz baixa: “Eppur si muove!” (No entanto, move-se!).